Program Studi DIII Kebidanan Aceh Utara Poltekkes Kemenkes Aceh diawal berdirinya diberikan nama Akademi Kebidanan (Akbid) Lhokseumawe, yang dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan R.I. No HK.00.06.1.3.3010 tahun 1998 (sebagai hasil Konversi dari SPK Lhokeumawe) dan Keputusan Bupati Aceh Utara No. 250 tahun 2000, penerimaan mahasiswa angkatan pertama dilakukan pada tahun 1998 dan seterusnya untuk setiap tahunnya. Dalam hal kepemimpinan, Pemkab Aceh Utara telah menetapkan Direktur Akademi Kebidanan yang pertama adalah (Alm) Dra. Nurhayati AB, mulai tahun 1998 sampai dengan tahun 2000. Selanjutnya direktur yang kedua adalah M. Nurdin, SKM, MM mulai tahun 2000 sampai dengan tahun 2011, direktur yang ketiga adalah Hj. Sukarni, SKM, MM..Kes mulai tahun 2011 sampai dengan 2013, selanjutnya direktur yang keempat adalah Riza Musni, S.Kp., M.Kes mulai tahun 2013 sampai dengan 2018 dan direktur yang kelima Anda Syahputra, S.Kp., M.Kes.
Sesuai dengan tuntutan peraturan, maka pendidikan tinggi yang dikelola oleh Kementerian Kesehatan baik langsung maupun tidak langsung (yang dikelola oleh pemerintah daerah) harus dilakukan proses Alih Bina ke Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Maka sesuai dengan hal tersebut saat ini Akbid Pemkab Aceh Utara telah melakukan Alih Bina Pendidikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 354/E/0/2012 tanggal 10 Oktober 2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Program Studi pada Akademi yang diselenggarakan oleh Pemerintah Daerah dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.
Sehubungan dengan perubahan regulasi yang terjadi bekaitan dengan pengelolaan PT. Kesda yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Aceh Utara, Institusi ini bergabung dengan Kementerian Kesehatan yaitu Politeknik Kesehatan Aceh berdasarkan Keputusan Menristek Dikti No.960/KPT/I/2019 Izin Pembukaan Program Studi di luar kampus utama yang diselenggarakan oleh Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Aceh di Kabupaten Aceh Utara pada tanggal 10 Oktober 2019 dan berubah nama menjadi Poltekkes Kemenkes Aceh Program Studi DIII Kebidanan Aceh Utara.